宏基因组分箱（二）Metabat2分箱实战 |
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宏基因组分箱（二）Metabat2分箱实战
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导读
上一篇：宏基因组分箱（一）Megahit组装和QUAST质量评价。分箱工具有很多，我为什么选择Metabat2呢？请见：宏基因组最佳分箱工具Metabat2。下面是Metabat2分箱的步骤：1. 建索引；2. 比对；3. sam2bam；4. bam2sorted.bam；5. 计算contig深度；6. 分箱；7. 结果。 一、建索引使用bowtie2的bowte2-build功能给测序数据组装得到的contig建索引文件，用于比对。 time bowtie2-build -f final.contigs.fa final --threads 16-f：输入文件 [final]：输出文件前缀 --threads：线程 time：计时 --large-index：force generated index to be 'large', even if ref has fewer than 4 billion nucleotides 二、比对使用bowtie2比对测序数据和contig。 time bowtie2 -1 ALL_READS_1.fastq -2 ALL_READS_2.fastq -p 16 -x final -S final.sam-1：上有序列 -2：下游序列 -p：处理器 -x：索引文件前缀 -S：比对结果sam文件 time：计时 三、格式转换：SAM > BAM使用samtools将sam文件转换成bam文件。 time samtools view -@ 16 -b -S final.sam -o final.bam-@：线程 -b：输出格式为BAM -S：自动检测输入格式 -o：输出文件 time：计时 四、BAM排序使用samtools排序bam文件获得sorted.bam文件。 time samtools sort -@ 16 -l 9 -O BAM final.bam -o final.sorted.bam-@：线程 -l：压缩等级0-9，0是不压缩，9最高 -O：输出格式可选SAM, BAM, CRAM -o：输出文件 time：计时 五、计算contig深度以上一步得到的sorted.bam文件为输入，用Metabat2中自带的jgi_summarize_bam_contig_depths程序计算contig深度。 time jgi_summarize_bam_contig_depths --outputDepth final.depth.txt final.sorted.bam--outputDepth：输出文件 [final.sorted.bam]：输入文件 六、分箱 time metabat2 -m 1500 -t 16 -i final.contigs.fa -a final.depth.txt -o all -v-m：最小contig长度 -t：线程 -i：contig文件 -a：contig深度 -o：输出文件路径和前缀 -v：啰嗦模式 time：计时 七、分箱结果分箱其实就是利用核苷酸频率和丰度模式将序列组装得到的contig打包分类的过程，所以分箱结果就是一堆contig的fasta文件如下： -rw-rw-r-- 1 cheng WST 3489348 9月 26 17:05 all.10.fa -rw-rw-r-- 1 cheng WST 429510 9月 26 17:05 all.11.fa -rw-rw-r-- 1 cheng WST 268311 9月 26 17:05 all.12.fa -rw-rw-r-- 1 cheng WST 1588561 9月 26 17:05 all.13.fa -rw-rw-r-- 1 cheng WST 388664 9月 26 17:05 all.14.fa -rw-rw-r-- 1 cheng WST 1499768 9月 26 17:05 all.15.fa -rw-rw-r-- 1 cheng WST 546539 9月 26 17:05 all.16.fa -rw-rw-r-- 1 cheng WST 634631 9月 26 17:05 all.17.fa -rw-rw-r-- 1 cheng WST 1051141 9月 26 17:05 all.18.fa -rw-rw-r-- 1 cheng WST 2150085 9月 26 17:05 all.1.fa -rw-rw-r-- 1 cheng WST 237183 9月 26 17:05 all.2.fa -rw-rw-r-- 1 cheng WST 2181418 9月 26 17:05 all.3.fa -rw-rw-r-- 1 cheng WST 982074 9月 26 17:05 all.4.fa -rw-rw-r-- 1 cheng WST 1716234 9月 26 17:05 all.5.fa -rw-rw-r-- 1 cheng WST 1649397 9月 26 17:05 all.6.fa -rw-rw-r-- 1 cheng WST 1759432 9月 26 17:05 all.7.fa -rw-rw-r-- 1 cheng WST 1386934 9月 26 17:05 all.8.fa -rw-rw-r-- 1 cheng WST 487116 9月 26 17:05 all.9.fa打开一个看看： less -S all.1.fa # 如下： >k93_1756 AAATTCTCTCTTAAAGTTTAACTTTACATTAATTGTTTCTTTACTCTAACAAAGTGCAAA TATATTAATAAAACTGAAACGAACAACTATTTTATTGAAAAAACCTTGTAAATCTATCAA TTTGTTAATTAAACATGCCACTTTATGCTTAATAACAGATTTTTCACACTTAAAAAACCT >k93_2772 GAGCGTGGTAACGAGATGAGCCAGGTTCTTGAGGAATTCTCAGAGCTTATTGACCCAAAG相关阅读： 宏基因组分箱（一）Megahit组装和QUAST质量评价 |
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